分子機能研究所

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   最終修正日

   2018/07/01

 

インシリコスクリーニングシステム

高性能、高機能タンパクモデリング機能解析システムHomology Modeling for HyperChem 史上最強計算化学環境Gaussian Interface for HyperChem 世界初完全自動インターラクティブONIOM法インターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術を搭載 完全GUIベース分子2D-3D変換プログラム 比類なき構造ベース創薬支援システム AutoDock Vinaインシリコスクリーニングインターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術 有機合成化学者のための論理的ドラッグデザイン HyperChem取り扱い

 

AutoDock Vina In Silico Screenings Interface

Docking Study with HyperChemの優れたGUI環境を利用し、AutoDock Vinaによるインシリコスクリーニングを実現

 

Docking Study with HyperChemMol DimensionモジュールプログラムにAutoDock Vinaインシリコスクリーニングインターフェイスを搭載し、 全自動でAutoDock PDBQT形式の化合物データベースを作成でき、そのままAutoDock Vinaインシリコスクリーニングが実施できます。本機能を利用し、AutoDock Vinaでインシリコスクリーニングを行い、得られた有望化合物について、更にDocking Studyモジュールプログラムによる高精度ドッキングスクリーニングを実施することで、候補化合物を絞り込むことが可能になります。*

 

AutoDock Vinaバーチャルスクリーニングあるいはドッキングスタディーに必要な化合物データベースの整備はMol Dimensionモジュールプログラムが担当します。

AutoDock Vinaに必要なConfigurationファイルはPIEFIIモジュールプログラムが用意します。

AutoDock Vina 設定

実行および結果ファイルの整備はMol Dimensionモジュールプログラムが行います。

AutoDock Vina Interface

結果ファイルの閲覧、解析およびヒット絞り込みはDock Viewerモジュールプログラムで行います。

AutoDock Vinaスクリーニング結果閲覧

 

本インターフェイスはAutoDock Vinaで数十万から数百万化合物の化合物データベースをスクリーニングし、引き続き、Docking Studyで有望化合物を高精度ドッキングスクリーニングで絞り込むために有効と考えられます。AutoDock Vinaスクリーニングに関する機能は分散化に対応しており、WindowsもしくはUnixマシンでバックエンドで実施することができます。

さらに、費用対効果でも優れており、AutoDock Vinaのバーチャルスクリーニングを簡単に実行して結果を閲覧、ヒット絞り込みできるソフトとして、薬学授業などでの教材として利用が期待されます。

加えて、生体高分子インデュースドフィット効果を取り扱えるフレキシブルドッキング、高精度フレキシブルドッキング、剛体ドッキング、部分構造ドッキングなどの本格的なドッキングシミュレーション技術を搭載するDocking Study with HyperChemの精密ドッキング機能およびスクリーニング機能の全機能が同時に利用できます。

 

* AutoDock VinaによるインシリコスクリーニングおよびドッキングシミュレーションはDocking Study with HyperChemとは全く異なるプログラムであることに注意してください。Docking Study with HyperChemはその優れたGUI環境でAutoDock Vinaインシリコスクリーニングのためのインターフェイスを提供しているだけです。AutoDock Vinaスクリーニングを実施するにあたり、パッケージグレード(スクリーニング能力)による化合物数の制限はありません。

 

 

 

 

 

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