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  最終修正日

  2019/02/08

 

低分子理論有機化学研究 核内レセプター研究 構造バイオインフォマティクス研究 創薬化学研究

高性能、高機能タンパクモデリング機能解析システムHomology Modeling for HyperChem 史上最強計算化学環境Gaussian Interface for HyperChem 世界初完全自動インターラクティブONIOM法インターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術を搭載 完全GUIベース分子2D-3D変換プログラム 比類なき構造ベース創薬支援システム AutoDock Vinaインシリコスクリーニングインターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術 有機合成化学者のための論理的ドラッグデザイン MFDD インシリコ創薬受託サービス HyperChem取り扱い

Homology Modeling Professional for HyperChem

 

Ramachandran Plot(ラマチャンドランプロット)

ラマチャンドランプロットモジュール

 

特徴

ラマチャンドランプロットモジュールプログラムはHyperChem作業領域にロードされたモデルの最終的な精度を評価する目的に利用するとともに、タンパク分子の主鎖コンフォメーションを、対応するラマチャンドランプロット上のポイント(φ,ψ空間)をマウスで移動させ、直接自由にモデリングすることができます。変更した構造をオリジナルに戻すこともできます。また、変更したφ,ψ空間値に向けて束縛条件を設定して、引き続き構造最適化または分子動力学計算を実施して安定主鎖コンフォメーションをモデリングすることができます。この機能を利用するとアゴニストフォームからアンタゴニストフォームのモデルを作成するといった作業が、単純でありながらも論理的に実施できます。

 

主鎖モデリング

 

*ラマチャンドランプロット中の有色領域は主鎖コンフォメーション採用可能領域を示します。この領域は約25,000のPDBデータ中(2002年4月時点)、分解能4Å以内のX線結晶構造でかつ同一タンパクを含まない約4,000のタンパクデータをもとに統計解析から得たものです。

 

 

 

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