分子機能研究所

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   最終修正日

   2018/07/01

 

Homology Modeling Professional for HyperChem

 

Ramachandran Plot(ラマチャンドランプロット)

ラマチャンドランプロットモジュール

 

特徴

ラマチャンドランプロットプログラムはHyperChem作業領域にロードされたモデルの最終的な精度を評価する目的に利用するとともに、タンパク分子の主鎖コンフォメーションを、対応するラマチャンドランプロット上のポイント(φ,ψ空間)をマウスで移動させ、直接自由にモデリングすることができます。変更した構造をオリジナルに戻すこともできます。また、変更したφ,ψ空間値に向けて束縛条件を設定して、引き続き構造最適化または分子動力学計算を実施して安定主鎖コンフォメーションをモデリングすることができます。この機能を利用するとアゴニストフォームからアンタゴニストフォームのモデルを作成するといった作業が、単純でありながらも論理的に実施できます。

 

主鎖モデリング

 

* ラマチャンドランプロット中の有色領域は主鎖コンフォメーション採用可能領域を示します。この領域は約25,000のPDBデータ中、分解能4Å以内のX線結晶構造でかつ同一タンパクを含まない約4,000のタンパクデータをもとに統計解析された最新結果から得たものです。

 

 

 

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