分子機能研究所

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   最終修正日

   2018/06/19

 

Homology Modeling Professional for HyperChem

 

Control Center(コントロールセンター)

コントロールセンター Windows色

 

特徴

コントロールセンターはHyperChemおよびHomology Modeling Professional for HyperChemのすべてのモジュールプログラムを集中管理して、生体高分子モデリングと機能解析をより効率的に行うための統合インターフェイスです。また、コントロールセンターでは、タンパクホモロジーモデリングをHyperChem上で一貫して実施するための一般的な手順が使用するモジュールプログラム名とともに示されており、使用あるいは変更ファイル名と使用モジュール名の履歴が残されることから、ナビゲータとしての機能も果たします。HyperChem互換PDB形式に変換する機能により、PDBファイルフォーマットバージョン3.0-3.3の構造データも取り扱えます。Blast(newおよびregacy版対応)、ClustalWFastaインターフェイスを搭載し、in-houseでのホモロジー検索を効率的に実施できます。

OpenBabelの実行ファイルを登録することにより、HIN形式(HyperChemフォーマット)またはPDB形式で作業している分子システムをMDL SDF形式、Tripos MOL2形式、AutoDock PDBQT形式でエクスポートできます。分子動力学計算プログラムNAMDトラジェクトリから抽出したCHARMMベースのPDBファイルを通常のPDB形式に変換する機能により、Homology Modeling Professional for HyperChemで更なるモデリングができます。フラグメント分子軌道計算プログラムABINIT-MPBioStation Viewer)およびGAMESSFu/Facio)で必要となる特殊なPDB形式に変換する機能を搭載し、全系量子力学計算をサポートします。

 

 

 

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