分子機能研究所

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   最終修正日

   2017/05/16

 

Homology Modeling for HyperChem

高性能、高機能タンパクモデリング機能解析システムHomology Modeling for HyperChem 史上最強計算化学環境Gaussian Interface for HyperChem 世界初完全自動インターラクティブONIOM法インターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術を搭載 完全GUIベース分子2D-3D変換プログラム 比類なき構造ベース創薬支援システム 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術 有機合成化学者のための論理的ドラッグデザイン HyperChem取り扱い

タンパク-リガンド複合体形成反応座標解析(分子動力学反応座標解析計算)

 

Homology Modeling for HyperChemはタンパクモデリングのみならず、極めて強力なタンパク機能解析能力を有しています。

その一例として、以下のようなタンパク-リガンド複合体形成反応座標は、理論計算にもよりますが、分子力場計算レベルでは約半日程度で解析できます。

タンパク−リガンド複合体形成反応座標   タンパク-リガンド複合体形成反応座標解析

 

このシミュレーション(分子動力学計算)では複合体形成前のタンパク構造は別種タンパク単体の結晶構造を鋳型にモデリングしたものを使用しています。

以下にシミュレーション(分子動力学計算)で得られた複合体構造を実際の複合体結晶構造と重ね合わせた結果を示します。シミュレーション(分子動力学計算)で得られた複合体のリガンド結合モードおよびタンパクモデルの接触残基のロータマーが極めて正確に再現されています。

 

シミュレーション複合体構造と結晶構造の重ね合わせ結果

 

ここではこれ以上紹介することができませんが、ここで紹介した例はほんの一例です。Homology Modeling for HyperChemはこのような最高レベルの未踏の研究をも支援できる能力があります。

 

 

 

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