分子機能研究所

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  最終修正日

  2019/01/01

 

低分子理論有機化学研究 核内レセプター研究 構造バイオインフォマティクス研究 創薬化学研究

高性能、高機能タンパクモデリング機能解析システムHomology Modeling for HyperChem 史上最強計算化学環境Gaussian Interface for HyperChem 世界初完全自動インターラクティブONIOM法インターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術を搭載 完全GUIベース分子2D-3D変換プログラム 比類なき構造ベース創薬支援システム AutoDock Vinaインシリコスクリーニングインターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術 有機合成化学者のための論理的ドラッグデザイン HyperChem取り扱い

Homology Modeling Professional for HyperChem (HMHC)とDocking Study with HyperChem (DSHC）は分子モデリングソフトHyperChemを最先端のインシリコ創薬システムに画期的にグレードアップします。

 

最新製品情報　　最新バージョンは8.12（2018/10/14）です。

What's New in Revision H1.

Homology Modeling Professional for HyperChem, Revision H1、Docking Study with HyperChem, Revision H1がインシリコ創薬統合プラットフォームとして更に進化。

量子力学計算GaussianONIOM Interface大幅機能強化、分子動力学計算NAMD（VMD）CHARMM-based ファイル互換機能追加、フラグメント分子軌道計算ABINIT-MP（BioStationViewer）/GAMESS（Fu / Facio）ファイル互換機能追加、AutoDock Vinaバーチャルスクリーニング完全対応（化合物データベース作成−ファイル準備−実行−閲覧−絞り込み全自動、Docking Studyモジュールプログラムの結果と同時閲覧も可能）

最先端のインシリコ創薬において、生体高分子システムなどの巨大分子システムに対して全系量子力学計算を実施する場合、分子力学計算による構造最適化計算や分子動力学計算で用意した初期構造では一点計算さえ収束しないか、異常なエネルギー値を与えます。フラグメント分子軌道法などで全系量子力学計算を実施する場合は、ONIOM法で予め初期構造を更に構造最適化して置く必要があります。ONIOM Interface for ReceptorはHomology Modeling Professional for HyperChemやDocking Study with HyperChemで準備した高精度初期構造（複合体構造）を量子力学計算用に更に精密化して全系量子力学計算を成功させる最善のソリューションを提供します。

Motonori Tsuji, et. al. FEBS Open Bio., 7, 391-396, 2017, DOI: 10.1002/2211-5463.12188.

 

インシリコ創薬統合プラットフォーム


Docking Study with HyperChem, Revision H1

with AutoDock Vina In Silico Screenings Interface

Compatible to NAMD Molecular Dynamics and ABINIT-MP / GAMESS Fragment Molecular Orbital Quantum Mechanics Calculations for Entire Molecular System

- 世界初、革新創薬支援技術　PIEFII搭載　Drug Design System -

 

Powered by Docking Study with HyperChem THE IMPOSSIBLE BECOMES POSSIBLE. 

比類なき最先端、かつてない高性能、高機能、高速、完全GUIベース、フレキシブルドッキングシミュレーション&スクリーニングプログラムパッケージ

統合分子設計支援システムHyperChemで全自動生体高分子-リガンドフレキシブルドッキングシミュレーション、バーチャルスクリーニング。様々な状態の生体高分子システム（タンパクおよび核酸）に対応。従来製品にはない非グリッドアルゴリズムを採用し、HyperChem高信頼性高速計算エンジンによる全系を対象とした高精度手法。構造ベース予測ファーマコフォア点情報を利用する独自のドッキングアルゴリズムPIEFIIによる高信頼性を誇る安定複合体構造探索手法。最新版ではAutoDock Vinaインターフェイスも搭載し、様々なドッキングアルゴリズムでインシリコ創薬を強力にサポート。

 

生体高分子システム−リガンドフレキシブルドッキング

 

 Homology Modeling Professional for HyperChem, Revision H1

with Gaussian Interface for HyperChem & ONIOM Interface for Receptor

Compatible to NAMD Molecular Dynamics and ABINIT-MP / GAMESS Fragment Molecular Orbital Quantum Mechanics Calculations for Entire Molecular System

 　

Powered by Homology Modeling Professional for HyperChem THE IMPOSSIBLE BECOMES POSSIBLE. 

最新、高性能・高機能タンパクホモロジーモデリング、機能解析、シミュレーションパッケージ

最強の論理的分子設計ツールHyperChemとGaussianでタンパクホモロジーモデリング、生体高分子モデリング、解析、シミュレーション。様々な状態の生体高分子システム（タンパクおよび核酸）に対応。HyperChem、Gaussian計算エンジンによるエネルギーベースの最先端手法。最新版では分子動力学計算プログラムNAMD（VMD）やフラグメント分子軌道法プログラムABINIT-MP（BioStationViewer）などの全系量子化学計算と連携してインシリコ創薬を強力にサポート。

 

Homology Modeling Module Program

 

 

                     　世界初、革新創薬支援技術（特許取得）

                             PIEFII

              Ab Initio 生体高分子−リガンド複合体形成部位

　　　　　　　　　　構造ベースファーマコフォア予測

                         リガンド高精度予測技術

                            ドラッグデザイン革新的方法論

リガンド結合部位予測

リガンドスキャフォルドおよびファーマコフォア予測

 

 

インシリコ創薬フロー インシリコ創薬システム

 

ニュース　過去のニュース

2018/07/01 分子機能研究所創設15周年

2018/06/07-08 日本コンピュータ化学会2018年春季年会（東京）「インシリコ創薬システム、Docking Study with HyperChem（DSHC）とHomology Modeling Professional for HyperChem（HMHC）による創薬基盤技術の高度化」　○辻一徳（分子機能研）

日本コンピュータ化学会2018

2018/03/27 日本薬学会第138年会（金沢）講演「AF-2固定モチーフ摂動メカニズム：レチノイドXレセプターアンタゴニストの活性コンフォメーションとドッキングモード」　○辻一徳（分子機能研）

日本薬学会第138年会

2018/03/21 統合分子モデリングソフト、HyperChem（ハイパーケム）サイト運営開始

2018/02/23 Homology Modeling Professional for HyperChem, Revision H1およびDocking Study with HyperChem, Revision H1リリース開始

2018/01/09 Homology Modeling Professional for HyperChem, Revision H1、Docking Study with HyperChem, Revision H1がインシリコ創薬統合プラットフォームとして更に進化。近日リリース予定（量子力学計算Gaussian ONIOM Interface大幅機能強化、分子動力学計算NAMD（VMD）CHARMM-based ファイル互換機能追加、フラグメント分子軌道計算ABINIT-MP（BioStationViewer）/GAMESS（FU/FACIO）ファイル互換機能追加、AutoDock Vinaバーチャルスクリーニング完全対応（ファイル準備−実行−閲覧−絞り込み全自動、Docking Studyモジュールプログラムの結果と同時閲覧も可能））：予約受付中

2017/11/19 第28回日本レチノイド研究会学術集会（神戸）講演　「ドッキング、QM/MM、全系量子力学計算によるレチノイドのレセプターサブタイプ選択性識別： ATRAは内因性RXRリガンドとして作用する」　○辻一徳（分子機能研、東京医科歯科大）、他2名

2017/05/16 核内受容体アゴニズム・アンタゴニズムメカニズムの量子論による提唱論文が2017年5月16日欧米査読誌に受理 Motonori Tsuji, J. Comput. Aided Mol. Des., 31, 577-585, 2017, DOI: 10.1007/s10822-017-0025-6.

2017/04/10 米Gaussian社の全面協力によりGaussian16W 64ビットマルチプロセッサ版（リビジョンA.03）に対応

2017/03/28 米Hypercube社のHyperChem全シリーズを取り扱い

2017/03/27 日本薬学会第137年会（仙台）講演　「ヘリックス3三点初期結合仮説：核内受容体スーパーファミリーのリガンド結合領域におけるリガンド補足メカニズムとアポ体からホロ体への構造遷移に関する理解」　○辻一徳（分子機能研）

日本薬学会第137年会

2017/02/15 プレスリリース：量子力学計算によりレセプターサブタイプ選択性の起源の解明に成功　Motonori Tsuji, et. al. FEBS Open Bio., 7, 391-396, 2017, DOI: 10.1002/2211-5463.12188.

2016/12/29 全系量子化学計算によるレセプターサブタイプ選択性起源の解明に世界で初めて成功し、2016年12月29日欧米査読誌に受理されました。

2016/04/16 米Gaussian社の全面協力によりGaussian09W 64ビットマルチプロセッサ版（リビジョンE.01）でONIOM InterfaceおよびGaussian Interfaceの動作確認

2016/03/27 日本薬学会第136年会（横浜）講演　「ビシクロ系における最高被占分子軌道の幾何学的依存：ビシクロオレフィンの反応面立体選択性の起源」　○辻一徳（分子機能研）

2016/03/26 Homology Modeling Professional for HyperChemおよびDocking Study with HyperChem, Revision G1 2016（機能強化版） リリース開始

2016/03/26 ONIOM Interface for Receptorを機能強化（生体高分子システム（タンパクおよび核酸）全系対応）

2015/12/01 Windows 10 Professional版にてHomology Modeling Professional for HyperChemおよびDocking Study with HyperChemの正常動作を確認

2015/11/04 プレスリリース：核内受容体スーパーファミリーにおけるリガンド認識機構の原理の解明に成功　Motonori Tsuji, J. Mol. Graph. Model., 62, 262-275, 2015.

2015/10/07 核内受容体リガンド結合領域のアポ体からホロ体へのシミュレーションとリガンドエントリーに関わるドライビングフォースの解明に世界で初めて成功し、2015年10月6日欧米査読誌に受理されました。詳細に関しましては後日プレスリリース致します。

2015/09/13 核内受容体分子機構の定説を覆す仮説提唱論文（Docking Study with HyperChemおよびHomology Modeling Professional for HyperChemのコア技術に関する詳細論文）が受理 Motonori Tsuji, et.al., J. Comput. Aided Mol. Des., 29, 975-988, 2015.

2015/04/17 プレスリリース:有機化学反応における重要未解決問題である反応面立体選択性の本質的原理の解明に成功　Motonori Tsuji, Asian J. Org. Chem., 4, 659-673, 2015.（本論文がエディターチョイスされました）

2015/03/26 日本薬学会第135年会（神戸）講演　「核内受容体リガンド結合領域正準構造に関わる局所モチーフ構造とその機能」　○辻一徳（分子機能研）

2015/01/04 Homology Modeling Professional for HyperChemおよびDocking Study with HyperChem, Revision G1 リリース開始

2014/10/14 Homology Modeling Professional for HyperChemおよびDocking Study with HyperChem, Revision F3 リリース開始

2014/10/02 次期Windows 10 Technical Preview版にてHomology Modeling Professional for HyperChemおよびDocking Study with HyperChemの正常動作を確認

2014/03/18 核内受容体リガンド結合領域フォールディングメカニズム、アゴニスム・アンタゴニズム理論に関する論文受理 Motonori Tsuji, J. Struct. Biol., 185, 355-365, 2014.（90日間で本論文のダウンロード数がベスト22位に入りました。）

 

トピックス

2018/07/01 分子機能研究所創設15周年

2017/05/16 核内受容体アゴニズム・アンタゴニズムメカニズムの量子論による提唱論文が2017年5月16日欧米査読誌に受理 Motonori Tsuji, J. Comput. Aided Mol. Des., 31, 577-585, 2017, DOI: 10.1007/s10822-017-0025-6.

2017/04/12 米Gaussian社の全面協力により最新版Gaussian16W 64ビットマルチプロセッサ版（リビジョンA.03）に対応

2017/03/28 米Hypercube社のHyperChem全シリーズを取り扱い

2016/12/29 全系量子化学計算によるレセプターサブタイプ選択性起源の解明に世界で初めて成功　Motonori Tsuji, et. al., FEBS Open Bio., 7, 391-396, 2017, DOI: 10.1002/2211-5463.12188.

2016/04/16 米Gaussian社の全面協力により最新版Gaussian09W 64ビットマルチプロセッサ版（リビジョンE.01）で製品の動作確認

2015/10/7  核内受容体リガンド結合領域のアポ体からホロ体へのシミュレーションとリガンドエントリーに関わるドライビングフォースの解明に世界で初めて成功 Motonori Tsuji, J. Mol. Graph. Model., 62, 262-275, 2015.

核内受容体リガンド結合部位へのリガンドエントリー核内受容体リガンド結合部位へのリガンドエントリー

2015/09/13 核内受容体分子機構の定説を覆す仮説提唱論文（Docking Study with HyperChemおよびHomology Modeling Professional for HyperChemのコア技術に関する詳細論文）が受理 Motonori Tsuji, et.al., J. Comput. Aided Mol. Des., 29, 975-988, 2015.

2015/04/17 有機化学反応における重要未解決問題である反応面立体選択性の本質的原理の解明に成功 Motonori Tsuji, Asian J. Org. Chem., 4, 659-673, 2015.　（本論文がエディターチョイスされました）

Tsuji Model for Facial Stereoselectivity 

2014/03/18 核内受容体リガンド結合領域フォールディングメカニズム、アゴニズム・アンタゴニズム理論に関する論文受理　Motonori Tsuji, J. Struct. Biol., 185, 355-365, 2014.　（90日間で本論文のダウンロード数がベスト22位に入りました）

核内受容体リガンド結合部位フォールディングメカニズムとアゴニズム・アンタゴニズム理論

2013/07/01 分子機能研究所創設10周年

2012/11/30 リガンド結合部位予測アルゴリズム、構造ベースファーマコフォア予測に関する特許を取得　辻一徳, 生体高分子における相互作用部位の予測方法, 2006. 出願番号：特許出願2006-125188、公開番号：特許公開2007-299125.

2012/07      Homology Modeling Professional for HyperChemの引用論文がPlant & Cell Physiology誌に掲載　Plant Cell Physiol. 2012 Jul; 53(9): 1638-1647.

2010/12      Homology Modeling Professional for HyperChemの引用論文がBiochemistry誌に掲載　Biochemistry. 2010 Dec; 49(50): 10647-10655.

2010/04/30 Homology Modeling Professional for HyperChemの引用論文がBiochemical and Biophysical Research Communications誌に掲載　Biochemical and Biophysical Research Communications. 2010 Apr 30;395(2):173-177.

2008/02      東京医科歯科大学との共同研究によりインシリコ創薬支援システムとしてDocking Study with HyperChemおよびHomology Modeling Professional for HyperChemを使用した初の成果論文がサイエンス誌に掲載　Science 2008 Feb 1; 319(5863): 624-7.

2008/01/11 一般社団法人企業研究会招待講演　「反応面選択性を支配する軌道相互作用理論、核内レセプターリガンド結合領域正準フォールドに関わる局所モチーフ理論、核内レセプターリガンド認識におけるドライビングフォース、そして構造ベース創薬支援システムの開発」、東京表参道「アイビーホール青学会館」（東京）　○辻一徳（分子機能研）

2007/11/15 米Hypercube社のHyperChem取り扱いを開始

2007/06/29 分子科学会電子ジャーナル創刊号に製品紹介論文が掲載　Motonori Tsuji, Molecular Science, 1, NP004, 2007.

2007/06/16 米Hypercube社、Neil S. Ostlund 代表兼CEOの全面協力により最新HyperChem8に完全対応

2006/06/05 Docking Study with HyperChemおよびVirtual Screening Systemリリース開始

2005/12/01 Homology Modeling Professional for HyperChemリリース開始

2005/11/28 Gaussian Interface for HyperChemおよびONIOM Interface for Receptorリリース開始

2005/08/09 米Gaussian社オフィシャルサイトが製品をトップレベルでリンク

2005/07/11 Homology Modeling for HyperChemリリース開始

2005/05/01 分子機能研究所ホームページ開設

2004/03/24 カルボラン電子構造の分子軌道理論による解明と、シクロプロパン環の第三番目の最安定コンフォメーション発見に関する実験的・理論的研究成果が受理 Motonori Tsuji, J. Org. Chem. 69, 4063-4074, 2004.

2003/08/06 カルボラニルカルボカチオン生成に関する世界初の実験的・理論的研究成果が受理　Motonori Tsuji, J. Org. Chem. 68, 9589-9597, 2003.

2003/07/01 分子機能研究所創設

 

 

 

* HyperChemはHypercube, Inc.の登録商標です。

** GaussianはGaussian, Inc.の登録商標です。

*** 本製品の開発にあたり、Hypercube, Inc.およびGaussian, Inc.の承認済みです。

　

　

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