分子機能研究所

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   最終修正日

   2017/05/16

 

低分子理論有機化学研究 核内レセプター研究 構造バイオインフォマティクス研究 創薬化学研究

高性能、高機能タンパクモデリング機能解析システムHomology Modeling for HyperChem 史上最強計算化学環境Gaussian Interface for HyperChem 世界初完全自動インターラクティブONIOM法インターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術を搭載 完全GUIベース分子2D-3D変換プログラム 比類なき構造ベース創薬支援システム 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術 有機合成化学者のための論理的ドラッグデザイン HyperChem取り扱い

構造バイオインフォマティクス

 

ab initio3Dモデリング

高精度二次構造予測アルゴリズムを搭載するab initio 3Dモデリングツール検証結果

予測された3D構造は対応するタンパク結晶構造を高精度に再現した(下図の重ね合わせ結果参照)。このアルゴリズムの特徴はループあるいはランダムコイル領域を極めて精度よく再現するところにある。そのため、二次構造部分(へリックスおよびシート)が適切な空間配置をとって全体構造を再現している(これまでに以下の3例のみ検証しただけであるが、すべてのケースで良好な結果となった。また、予測3D構造は構造最適化など一切適用していないため、さらなる構造の改善が期待される)。

 

予測3D構造と対応する結晶構造との重ね合わせ結果

 

タンパク二次構造予測

タンパク主鎖原子のφ、ψ値のみによる新規二次構造予測アルゴリズム

既知アルゴリズム(Chou-Fasmanやニューラルネットワークアルゴリズム等)と比較して非常に高い予測精度

 

新規二次構造予測アルゴリズムと既知アルゴリズムとの比較

新規二次構造予測アルゴリズムと既知アルゴリズムとの比較

 

この二次構造予測アルゴリズムおよびab initio 3DモデリングアルゴリズムはHomology Moldeing Professional for HyperChemホモロジーモデリングモジュールに搭載されています。

 

 

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