分子機能研究所

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   最終修正日

   2017/05/16

 

新製品

高性能、高機能タンパクモデリング機能解析システムHomology Modeling for HyperChem 史上最強計算化学環境Gaussian Interface for HyperChem 世界初完全自動インターラクティブONIOM法インターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術を搭載 完全GUIベース分子2D-3D変換プログラム 比類なき構造ベース創薬支援システム 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術 有機合成化学者のための論理的ドラッグデザイン HyperChem取り扱い

 

Docking Study with HyperChem

Essential, Premium Essential, Professional, Advanced, Ultimate, and Cluster

 

What's New in Revision G1.

 

統合分子設計支援システムHyperChemで全自動生体高分子-リガンドフレキシブルドッキングシミュレーション、バーチャルスクリーニング

様々な状態の生体高分子システム(タンパクおよび核酸)に対応

従来製品にはない非グリッドアルゴリズムを採用し、HyperChem高信頼性高速計算エンジンによる全系を対象とした高精度手法

構造ベースファーマコフォア点情報を利用する独自のドッキングアルゴリズムPIEFIIによる高信頼性を誇る安定複合体構造探索手法

ドッキング・インシリコ(in silico)スクリーニングに要求される各種従来機能に加え、生体高分子システムの誘導適合効果を考慮したフレキシブルドッキング機能、アポ体へのドッキングなど誘導適合効果を超えた大きな構造変化にも対応したフレキシブルドッキング機能、標的生体高分子以外の高分子、低分子、水分子、金属原子、共有結合置換基などからの立体電子影響下でのフレキシブルドッキング機能、試行化合物のコンフォメーション毎に任意半経験分子軌道法による電荷アサイン機能、United AtomおよびAll Atom条件の様々な組み合わせ機能、溶媒和条件下ドッキング機能、リスタート機能、分散処理機能など従来製品では未踏の最先端手法を駆使でき、精密なドッキングシミュレーションからin silicoスクリーニングをサポートします。さらに、プロフェッショナルユーザーは分子力学計算・量子力学計算パラメータからドッキング・スクリーニングパラメータに至る全パラメータをGUIベースで詳細に自由に調整できます。

 

コントロールセンター ブラック色 コントロールセンター Windows色

コントロールセンター ダーク色 ドッキングスタディーモジュール

Dock Viewerモジュール Mol Dimensionモジュール

Mol Browserモジュール PIEFIIモジュール 探索設定画面

PIEFIIモジュール ファーマコフォア候補点

 

 ドッキング・in silicoスクリーニングに特化した直観的なユーザーインターフェイス(研究者は本質的な思考に集中できます)

 大幅な作業時間の短縮(特殊な作業知識、テキストベースのパラメータ設定等が不要)

 分子力学計算(MM+, Ambers, Amber2, Amber3, Amber94, Amber96, Amber99, OPLS, BIO+83, BIO+85, CHARMM19, CHARMM22, CHARMM27)、量子化学計算を網羅

 抜群の費用対効果

 開発元による日本語での技術サポート

 受託研究、導入時検証事例、ユーザーサポートからのフィードバックなどに対応し、操作性、安定性、信頼性を確保、細部に行渡る多数のユーザー支援機能が利用できます。

 

旧リビジョンへの追加、変更機能は以下の通りです。

 

高速コンフォメーション探索アルゴリズム(Automatic Conformation Search Method)の追加

DockViewerモジュールのヒット化合物リストテーブルにRMSDカラムを追加(再ドッキング検証に有効)

Mol Dimensionモジュールでの入力データベース構造閲覧機能追加

Mol Dimensionモジュールでの超原子価分子への対応

Mol Dimensionモジュールでのシングル巨大マルチプル化合物SDFファイル(1億化合物)の任意サイズ分割化およびMOL2形式での原子タイプおよび電荷アサイン済み三次元データベース構築機能(単独使用でサードパーティー製ドッキングソフトに利用可能)

Mol DimensionモジュールでのRule of 5による選別機能(Docking StudyモジュールにはRule of 5の機能が開発時より搭載されており、Mol Dimension単独使用でサードパーティー製ドッキングソフト用化合物データベースを作成するのに利用できます)

 

各種機能の改善

 

以下は超原子価分子(カルボラン誘導体)の再ドッキングの結果です。青が結晶構造、赤が最安定ドッキングモードを示します。

Hypervalent Molecule Docking

Carborane Derivative

 

日本語マニュアル

日本語マニュアル目次

パンフレット

Docking Study with HyperChem (PDFファイル:2MB) 旧パンフレットと併せてご利用ください

 

 

 Homology Modeling Professional for HyperChem

 

What's New in Revision G1.

 

最強の論理的分子設計ツールHyperChemGaussianで生体高分子モデリング、解析、シミュレーション

様々な状態の生体高分子システム(タンパクおよび核酸)に対応

HyperChemGaussian計算エンジンによるエネルギーベースの最先端手法

ホモロジーモデリング過程での、挿入配列モデリング、主鎖モデリング、側鎖モデリング、共有結合低分子モデリング、ヘテロ分子・金属原子影響下モデリング、ホモ・ヘテロ会合状態モデリング、溶媒和条件下モデリングなど従来製品では利用できない最先端手法がエネルギーベースで実施できます。

 

コントロールセンター Windows色 水素原子初期座標評価モジュール 

ホモロジーモデリングモジュール インターフェイス選択モジュール

周辺モデリングモジュール タンパク重ね合わせモジュール

束縛モジュール 側鎖ロータマーモデリングモジュール

ラマチャンドランプロットモジュール トラジェクトリ−解析モジュール

Gaussian Interface for HyperChem ONIOM Interface for Receptor

 

 直観的なユーザーインターフェイス(研究者は本質的な思考に集中できます)

● 大幅な作業時間の短縮(特殊な作業知識、テキストベースのパラメータ設定等が不要)

● 分子力学計算(MM+, Ambers, Amber2, Amber3, Amber94, Amber96, Amber99, OPLS, BIO+83, BIO+85, CHARMM19, CHARMM22, CHARMM27)、量子化学計算(半経験法、HF、DFT、MPxなどHyperChemとGaussian搭載計算化学)、分子動力学計算(分子動力学、ランゲビン動力学、モンテカルロ)の各手法を網羅

● 抜群の費用対効果

● 開発元による日本語での技術サポート

● 受託研究、導入時検証事例、ユーザーサポートからのフィードバックなどに対応し、操作性、安定性、信頼性を確保、細部に行渡る多数のユーザー支援機能が利用できます。

 

旧リビジョンへの追加、変更機能は以下の通りです。

 

ライセンス方法の変更

ONIOM Interfaceの機能強化(タンパクおよび核酸分子システム全系に対応)

NewおよびRegacy Blastプログラムに対応したインターフェイスの改善

独自開発二次構造アラインメント法の改善

分子動力学計算トラジェクトリ解析におけるRMSDトラジェクトリ(Ca Atoms、Back Bone Atoms、All Atoms)機能の追加

各種機能の改善

 

下図は核内受容体DNA結合領域−リガンド結合領域のヘテロダイマーとコファクターフラグメントおよびDNA上のホルモン応答配列とのジンクフィンガーモチーフ全系に対する3レイヤONIOM計算(RHF/6-31G:RAM1:AMBER)の結果です。Highレイヤには2種類のリガンドと4個のZn原子を設定し、MediumレイヤにはHighレイヤから4Å内の残基およびヌクレオチドと水分子とし、残りの構造をLowレイヤに設定しています。計算に必要なパラメータは全て自動で設定されるため、ONIOMインターフェイス起動と同時にGaussianを実行できます。本計算はWindows版Gaussianで行っていますが、UNIX64ビットマルチプロセッサ版Gaussian用ジョブファイルの準備に威力を発揮します。

ONIOM Intreface

 

コントロールセンターを使ったホモロジー検索作業、基本的なホモロジーモデリング作業をフィギュア付きで紹介した日本語リファレンスマニュアルを添付

日本語リファレンスマニュアル目次

日本語マニュアル

日本語マニュアル目次

パンフレット

Homology Modeling Professional for HyperChem (PDFファイル:4MB) 旧パンフレットと併せてご利用ください

 

構造ベース創薬支援システム資料

SBDD資料

 

旧リビジョンに関しては以下を参照してください。

What's New 2012/01

What's New 2010/02

What's New 2008/10

What's New 2008/05

What's New 2007/11

What's New 2007/02

 

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