分子機能研究所

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   最終修正日

   2017/05/16

 

低分子理論有機化学研究 核内レセプター研究 構造バイオインフォマティクス研究 創薬化学研究

定量的構造活性相関

高性能、高機能タンパクモデリング機能解析システムHomology Modeling for HyperChem 史上最強計算化学環境Gaussian Interface for HyperChem 世界初完全自動インターラクティブONIOM法インターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術を搭載 完全GUIベース分子2D-3D変換プログラム 比類なき構造ベース創薬支援システム 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術 有機合成化学者のための論理的ドラッグデザイン HyperChem取り扱い

構造ベースおよびリガンドベース 3D QSAR

構造ベースおよびリガンドベース3D QSAR手順

 

3D QSAR法は構造ベースおよびリガンドベース方式に大別されます。

構造ベースの3D QSAR法は、活性化合物と複合体を形成した標的タンパクあるいはその同族タンパクの3D構造が、X線結晶構造解析により実験的に解かれている場合にのみ利用可能です。

結晶構造の代わりに相似モデリングした標的タンパクを用いた場合は、化合物のin vitro活性と複合体の相互作用エネルギー(あるいはスコア)間の直線関係を得るために、結合部位の側鎖ロータマーの無数の組み合わせを考慮する必要性が出てきます。

一方、標的タンパクの詳細な3D構造が実験的に知られていない場合、リガンドベースの3D QSAR法が利用できます。

 

ファーマコフォアマッピング

リガンドベース3D QSARから直線関係が得られる場合、重ね合わせ構造から準備されたレセプターイメージは重ね合わせ化合物のファーマコフォア特性によってマッピングされます。これにより、このレセプター・イメージはさらにドッキングスタディーに対して利用可能となります。

 

 

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